Функции по охране территории природного парка и контроля за соблюдением режима природопользования возложены на инспекторский состав учреждения во главе с заместителем директора по охране территории парка (отдел охраны). Перед этим отделом стоят задачи контроля за соблюдением природоохранного законодательства на территории Парка, профилактика нарушений режима Парка, выявление и устранение нарушений. На основании заранее утвержденного плана инспекторами Парка проводятся рейдовые проверки территории, а также систематические обходы наиболее значимых объектов и участков Парка. В случае выявления нарушений режима особо охраняемой природной территории принимаются меры к его устранению – составляется акт о нарушении, принимается решение о необходимости привлечения соответствующих контрольно-надзорных и правоохранительных органов (полиции, прокуратуры, органов контроля в области охоты и рыболовства и т.д.). В течение года проводятся различные мероприятия, направленные на профилактику нарушений режима Парка, усиленный режим охраны вводится в период нереста (май), охотничьего сезона, предновогодний период (лесонарушения).

Учитывая площадь парка, а также его географическую протяженность и высокую степень населенности, в структуре отдела охраны выделены две бригады по участковому принципу – Староуткинская и Усть-Уткинская (включая Висимский участок) бригады. Каждая бригада, состоящая из старшего инспектора и двух инспекторов, обеспечена необходимой снегоходной, внедорожной и маломерной судоходной техникой.

Активное участие отдел охраны принимает в организации туристско-рекреационной деятельности на территории Парка: инспекторы нередко выполняют функции инструкторов-проводников, осуществляют сбор средств за оказанные посетителям Парка услуги, обеспечивают материально-техническую часть различных, в том числе массовых, мероприятий. Помимо этого, на отдел охраны возложены хозяйственные функции – ремонтно-строительные работы на объектах парка, заготовка дров и пр.

За 2011 год инспекторами парка совершено 165 рейдов, в том числе 23 совместных с представителями других уполномоченных органов (рыбнадзор, охотнадзор, ГИМС, лесничества, ОВД). Выявлено нарушений – 250, в том числе:

-              лесонарушения – 17;

-              нарушения правил пользования объектами животного мира – 2;

-              нарушения в области рыболовства – 25;

-              незаконное складирование мусора – 10;

-              незаконное передвижение авто-, мототранспортных средств по территории Парка (стоянка, мойка) – 184;

-              незаконное размещение объектов – 6;

-              иные нарушения (нарушение правил использования маломерных судов, вандализм) – 15.

Количество составленных актов – 233, снятых сетей, экранов и т.п. – 41, единиц изъятого оружия – 2.